公司由于涉税问题接到税务机关的《行政处罚通知书》后，绝对不能置之不理，收取通知并进行有效抗辩本身是法律赋予纳税人的权利。收到通知后公司可以从以下方面来维护自己权益：
 　　 一、要了解处罚的原由 
　　《行政处罚法》规定，“行政机关在作出行政处罚决定之前，应当告知当事人作出行政处罚决定的事实、理由及依据”。因此，在纳税人接到税务机关的《税务行政处罚事项告知书》后，应当仔细分析研究，重点审查处罚程序是否合法，事实认定是否清楚，适用法律是否准确，处罚是否适当。对自己不清楚的问题，可以向律师或税务机关询问。 
 　　 二、要陈述和申辩 
　　纳税人对税务机关拟给予的行政处罚有异议，或认为认定的事实有出入，可以向税务执法人员陈述和申辩。陈述时，纳税人要提出自己对行政处罚的看法、意见或要求、主张，供税务机关参考。纳税人要大胆地进行陈述和申辩，不要怕税务机关会因此而加重对自己的处罚，因为《行政处罚法》明确规定，“行政机关不得因当事人申辩而加重处罚”。 
 　　 三、有权要求举行听证 
　　税务行政机关作出责令停产停业、吊销许可证或者执照、较大数额罚款等税务行政处罚决定之前，当事人有权要求听证，税务行政机关应当组织听证。如果纳税人有听证要求，应当在收到税务机关的《税务行政处罚事项告知书》后3日内向税务机关提出书面申请。 
　　四、申请复议或行政诉讼 
　　纳税人认为税务机关在给予自己处罚的过程中，有违反法律、法规或者超越法律、法规范围行为的，有权向上一级税务机关申请复议，请求上一级税务机关变更或撤销违法处罚决定。在复议过程中，纳税人享有申请延期复议、申请停止执行、查阅相关材料、撤回行政复议等权利。但应当注意，复议申请应当在收到税务机关的《税务行政处罚决定书》60日内提出，可以书面，也可以口头。
如果对税务机关的行政处罚不服，也可以不经复议程序，直接向人民法院提起行政诉讼。 
　　五、请求赔偿 
　　《国家赔偿法》规定，税务机关及税务人员违法实施行政处罚，给纳税人造成财产损害的，纳税人有权取得赔偿。
　　对于已经税务机关或人民法院确定为违法行使职权并造成损害的，纳税人可以向税务机关提出赔偿请求，并递交赔偿申请书。
税务机关自接到申请之日起两个月内不予赔偿或纳税人对赔偿金额有争议的，可自期满之日起三个月内向人民法院提起行政赔偿诉讼。 
　　六、申请延期或分期缴纳罚款 
　　《行政处罚法》第五十二条规定，“当事人确有经济困难，需要延期或分期缴纳罚款的，经当事人申请和行政机关批准，可以暂缓或者分期缴纳”。因此，如果纳税人确有经济困难，可以向税务机关提出延期或分期缴纳罚款的申请，请求税务机关批准。但税务机关未批准的，必须如期缴纳，因为《行政处罚法》还规定，“到期不缴纳罚款的，每日按罚款数额的百分之三加处罚款”。 
　　七、税收担保权
　　《税收征管法》第八十八条第一款规定：“纳税人、扣缴义务人、纳税担保人同税务机关在纳税上发生争议时，必须先依照税务机关的纳税决定缴纳或者解缴税款及滞纳金或者提供相应的担保，然后可以依法申请行政复议；对行政复议决定不服的，可以依法向人民法院起诉”。
　　因此，当事人申请复议之前，并非一定要先缴纳款项，而可以通过提供担保的方式，进入复议程序。其实，这对双方都有好处，即使最终税务机关的纳税决定错误，也可以避免发生税款退还的情况，而纳税人在申请行政复议前提交纳税担保以代替缴纳或解缴税款及滞纳金，可以起到融通、周转资金的作用，特别是在企业资金紧张的情况下，能给企业一定的缓冲空间。
　　 八、委托代理权
　　纳税人在依法维护自己权益的过程中，可以自己进行，也可以委托专业律师或税务代理人员等进行。